Le président affirme d'abord ne contester ni l'autorité du ministre ni la légitimité du contrôle administratif. Il dénonce en revanche ce qu'il décrit comme une démarche dirigée contre sa personne. Il dit avoir appris, « de sources concordantes », que le ministre aurait déclaré, dès son installation, que sa première mission serait d'obtenir son départ. Faute de preuve, il se garde de l'affirmer.
Il cite en revanche une phrase prononcée selon lui lors de la visite officielle du ministre à l'université, devant la presse : « Monsieur le Président, vous avez duré longtemps ici ; vous pouvez laisser la place à d'autres qui viendront gérer l'institution. » Il demande sur quel fondement l'ancienneté suffirait à justifier un tel appel.
Reproche d'une instrumentalisation
La lettre s'arrête longuement sur la mission d'inspection d'un mois lancée environ une semaine après l'installation du ministre. Confiée à deux inspectrices, elle aurait abouti à un rapport. Les deux inspectrices auraient été remplacées au lendemain de sa présentation, sans que les motifs soient communiqués. Le président dit ne pas affirmer que le contenu du rapport en est la cause, mais juge que le silence entretient le doute.
Il évoque aussi des informations selon lesquelles des services de la Direction de l'enseignement supérieur public auraient été associés à des initiatives visant à mobiliser les étudiants contre la présidence. Il précise ne pas les présenter comme démontrées.
Des circulaires contestées
Il demande un examen juridique de trois circulaires de septembre (chefs de département et vice-doyens, mutations et détachements, admissions exceptionnelles en filières de santé) et de l'arrêté du 8 octobre créant un comité ad hoc pour la sélection en médecine. Il met enfin le ministre en demeure de confirmer ou démentir les propos prêtés, d'expliquer la mission d'inspection et le remplacement des inspectrices, de faire cesser toute éventuelle instrumentalisation des étudiants, de suspendre les textes contestés et de s'abstenir de toute mesure préjugeant de son départ avant une évaluation objective. Il fixe un délai de quinze jours, soit jusqu'au 27 octobre, sinon il saisira "toutes voies de droit"
Il conclut qu'il ne se prêtera à aucune manœuvre visant à obtenir son départ « par la pression ou le fait accompli », et défendra sa fonction « par toutes les voies que le droit m'ouvre ». Le ministre a répondu par l'arrêté n°188, qui reproche à l'auteur des termes « outranciers » et un « chantage politique ». La suspension est intervenue avant la fin du délai. Les propos prêtés au ministre et les griefs sur l'inspection restent, à ce stade, des affirmations du président, que le ministère n'a pas commentées.